Sequenziamento di nuova generazione (NGS)

Ogni cellula racchiude un lungo manuale di istruzioni scritto nel DNA, e i tumori si sviluppano a causa di specifici errori di trascrizione in tale manuale. I test tradizionali potevano leggere solo uno o pochi geni alla volta, un processo lento e limitato. Il sequenziamento di nuova generazione (NGS) ha cambiato questo scenario leggendo milioni di frammenti di DNA o RNA in parallelo, permettendo così al laboratorio di esaminare centinaia di geni, o persino l'intero genoma, da un singolo campione. In pratica, questo significa che un tumore può essere profilato a fondo per individuare mutazioni, fusioni e altre alterazioni rilevanti, anziché verificare un singolo sospetto alla volta. L'ampiezza e la rapidità dell'NGS rendono possibile la moderna Oncologia di precisione, trasformando un campione di tessuto o di sangue in una mappa genetica dettagliata della malattia.

Il processo ha inizio con un campione, il più delle volte un piccolo frammento di tessuto tumorale prelevato durante una biopsia o un intervento chirurgico, oppure una provetta di sangue quando si utilizza un campione liquido. In laboratorio, il materiale genetico viene estratto e preparato, quindi caricato su un sequenziatore che legge il codice di innumerevoli frammenti contemporaneamente. Computer potenti e software dedicati assemblano poi queste letture, le confrontano con sequenze di riferimento e segnalano le alterazioni significative filtrando il rumore di fondo. Patologi molecolari e ricercatori qualificati esaminano i risultati e redigono un referto che spiega quali alterazioni sono state riscontrate e cosa possono significare per il trattamento. L'intero percorso, dal campione al referto interpretato, richiede solitamente da una a poche settimane, a seconda dell'ampiezza del test.

Nelle cure oncologiche, l'NGS guida la terapia mirata e l'immunoterapia identificando le alterazioni genetiche su cui è progettato per agire un determinato farmaco, aiutando l'équipe a scegliere trattamenti adatti al singolo tumore anziché basarsi su medie statistiche. Supporta i comitati molecolari per i tumori, in cui un gruppo di specialisti esamina il profilo genomico del paziente insieme al quadro clinico per raccomandare le opzioni migliori, inclusi studi clinici idonei. Viene inoltre utilizzato per valutare il rischio oncologico ereditario ricercando alterazioni a trasmissione familiare, fornendo indicazioni sia per il trattamento sia per la gestione dei familiari. Oltre ai tumori solidi, il sequenziamento aiuta a caratterizzare i tumori del sangue e può monitorare la risposta della malattia nel tempo. In ogni caso l'obiettivo è lo stesso: sostituire le approssimazioni con decisioni precise e basate sull'evidenza.

Il vantaggio principale del sequenziamento di nuova generazione (NGS) è la personalizzazione. Rivelando i fattori genetici alla base di uno specifico tumore, aiuta ad associare ciascun paziente alle terapie che offrono le maggiori probabilità di successo e a evitare trattamenti verosimilmente inefficaci, migliorando potenzialmente gli esiti e prevenendo effetti collaterali non necessari. Analizzare molti geni contemporaneamente da un singolo campione è più rapido e richiede meno tessuto rispetto all'esecuzione di numerosi test separati, e consente di individuare alterazioni inattese ma trattabili che analisi più ristrette non coglierebbero. Apre inoltre la strada all'accesso a studi clinici e a nuovi farmaci mirati selezionati in base al profilo genetico. Per i pazienti e le loro famiglie, può inoltre chiarire il rischio ereditario e orientare i programmi di screening. Nel loro insieme, questi vantaggi rendono la profilazione genomica completa un pilastro delle moderne cure oncologiche individualizzate.